В последние годы в мире резко участились преступления, с которыми обычная полиция не в силах справиться: масштабные теракты, шпионаж и военное вмешательство между государствами. Для противодействия этой аномальной ситуации Полицейское управление в строжайшей тайне создало особый отряд — Спецотряд общественной безопасности Нулевой отдел, известный как Zero. Его существование почти не отражено в официальных документах. Официально он считается одним из подразделений общественной безопасности, но в него собраны люди с неординарными способностями. Фактическое командование берёт на себя человек, которого в управлении называют гением, — Синъити Айдзу. Обладая феноменальной способностью раскрывать дела, он скрывает своё прошлое и истинные цели. Его единственная цель — найти и уничтожить таинственную организацию SENSE, даровавшую ему сверхспособность под названием Глаза. Вместе с товарищами из Zero он бросает вызов серии аномальных инцидентов, ещё не зная, что поле битвы, на которое они вступают, перерастёт в нечто, способное пошатнуть само государство.