С рождением вечного двигателя мир изменился до неузнаваемости. Учёные и инженеры, жаждущие бесконечной энергии, создали гигантский научный флот «Парадоксия» — величайшее исследовательское государство в истории человечества. В то же время по всему миру начали возникать локальные искажения законов мироздания. Появились люди, несущие в себе силу давно опровергнутых теорий и парадоксов — «опровергатели». А создатель вечного двигателя, первый из них, оставив лишь фразу «Мне не хватит времени завершить это исследование» и загадочную тетрадь, исчез со сцены. На обложке было выгравировано: «Разрушение вечного двигателя и метод восстановления законов мира». Спустя несколько лет Архэ Эмпейд, опровергатель теории четырёх стихий, бежит от преследователей, жаждущих его уничтожить. После исчезновения первого опровергателя «Парадоксия» раскололась на три фракции, ввергнув мир в гражданскую войну. Одни говорят: «Лишь те, кто вне законов мира, способны изменить ход этой войны». Архэ ступает на борт «Парадоксии», чтобы начать свой путь к истине.