2027 год. Будущее, где механические девушки с душой, называемые DOLL, сосуществуют с людьми. На острове Якусима, расположенном в южном море Кюсю, находится город-лаборатория озеленения, где есть академия, в которой учатся и люди, и DOLL. История начинается, когда DOLL по имени Сакура, назвавшаяся главой детективного клуба, насильно вытаскивает из дома старшеклассника Минору Итокаву, потерявшего цель в жизни из-за одного происшествия. Втянутый в дела клуба Минору, слегка рассеянная Сакура, а также Асана и Юкана из садоводческого кружка — их ждут шумные и яркие будни. Но вскоре герои узнают о серии исчезновений DOLL в академии. Встав на путь поиска истины, они сталкиваются с гигантским заговором, творящимся в тени учебного заведения. Кто же скрывается под маской преступника? Куда ведут следы «первой DOLL» XP-N-001 из воспоминаний Минору пятилетней давности? И вот, печальная правда вот-вот выйдет наружу...