Червоточина, соединяющая с иным миром, породила чудовищ, названных «Призраками». Человеческая цивилизация пала. В отчаянной попытке переломить ход войны люди создали искусственных солдат — «Стражей». Но и это не помогло: человечество было сметено с лица земли, а выжившие вынуждены влачить жалкое существование в страхе перед Призраками. В подземном городе-убежище, последнем оплоте людей, один из Стражей, «Новичок», встречает девушку по имени Юй, сбежавшую из Шелтера. Юй — биологическое оружие, созданное для уничтожения Призраков ценой собственной жизни. Она отвергает свою участь и жаждет мести тем, кто её создал, ища смерти. Новичок спасает её. Осознав противоречивость своих чувств, Юй исчезает, чтобы найти ответы. Стражи получают приказ найти её. Отправившись на поверхность, Новичок обнаруживает, что там всё ещё есть выжившие, построившие город «Содружество». Вдохновлённый их примером, но столкнувшись с безумием тех, кто не смог принять гибель мира, он вновь встречает Юй. Теперь, зная её миссию и видя страдания людей, он решает сделать всё возможное, чтобы спасти и её, и человечество. Стражи, разделив его решимость, возрождают обречённый когда-то план «Реконкиста» — уничтожение Чёрных сфер.