Синдзиро Тода, обычный первокурсник старшей школы из города Токородзава, влачит серые будни, полные одиночества и тревоги. Но однажды чёрная футболка, купленная в универмаге, навсегда меняет его жизнь — он оказывается втянут в водоворот инопланетного вторжения. Вместе с одеждой к нему попадает Тир, передовой ИИ внеземной цивилизации «Союз Зойя», созданный для оценки ресурсов планеты и подготовки вторжения. Однако, увидев земную культуру и одинокую фигуру Синдзиро, бредущего по ночному Синдзюку, Тир поднимает мятеж. Теперь Союз отправляет флагманский корабль, чтобы уничтожить и предателя-ИИ, и его «избранного». Синдзиро предстоит бежать, чтобы защитить семью, вступить в союз с офицером сил самообороны Мию Такаги и пройти через смертельные схватки с биологическим оружием. Финалом становится битва в ментальном пространстве с главным ИИ Союза — Арктуром, где искренность юноши ставит под сомнение сами устои космической цивилизации. Но какой ценой достанется спасение Земли?