Задолго до того, как возникла Генсокё, юноша по имени Хаято, потерявший память, отправляется в путешествие по миру. Он надеется отыскать следы своего прошлого и понять, кем он был на самом деле. Его путь полон опасностей и встреч с необычными существами. В этом мире переплетаются реальность и фантазия, а каждое новое открытие приближает его к разгадке тайны собственного происхождения. Это вторая история по вселенной Touhou Project, где знакомые персонажи и локации предстают в новом свете. Сможет ли Хаято вернуть утраченные воспоминания и найти своё место в этом мире?