Прошло три тысячи лет с тех пор, как суша ушла под воду. Пять плавучих городов в Тихом океане и сеть глубоководных станций — вот последнее пристанище человечества. Мия, наблюдательница из странствующей гильдии, бесстрастно фиксирует аномалии на поверхности океана. Граница зоны молчания неумолимо расширяется, но никто не верит её отчётам. Рэй, юноша, скрывающийся в заброшенном секторе глубоководной станции, с детства слышит «голоса», недоступные другим. Преследуемый тремя организациями, он начинает ощущать присутствие одинокой женщины где-то далеко. Их встреча в старой обсерватории меняет всё: коснувшись древнего прибора, Мия видит на краю своего поля зрения незнакомую женскую руку. «Ты — другая», — звучит голос. Четверо пар уже стояли здесь раньше. И исчезли. Устройство «Ядро бездны», покоящееся на дне Тихого океана, пробуждается.