Старый Токио превратился в мёртвый город, а вся префектура Канагава была перестроена в магический научно-технический мегаполис — столицу Эдем. На его окраине скрывается Саки Аохара — девочка, когда-то найденная в ледяном гробу на окраине мёртвого Токио. Вместе с братом Юури она должна была спать вечно, но магическое общество М∴Р∴ превратило её в живое оружие — Розенмаску, вживив в неё розоподобные магические нано-машины. Но Саки отказывается считать себя оружием или монстром. Она живёт, не меняя имени, чтобы брат смог её найти. Единственная, кто называет её не Розенмаской, а Саки — дочь мастера по ремонту, Ицуки, яркая и настойчивая девочка, которая не убегает, даже когда страшно. М∴Р∴ бросает против них всё: EX-химер из мёртвого города, боевую личность Розе, маски-заклинания и даже вспомогательное оружие Апис-Юнит, используя Ицуки. Главная злодейка, мадам Ви, стремится завершить Розен-Протокол — создать солдат, которые помнят свои имена и чувства, но не могут ослушаться приказов.