Общее число душ во Вселенной — ровно тысяча. Все разумные существа, когда-либо жившие в космосе, лишь перерождения этих изначальных искр. Девочка по имени Мио, родившаяся на Земле, попадает в аварию и на грани жизни и смерти встречает того, кто называет себя «Хранителем душ». Её душа — номер 001, первая душа во Вселенной, прообраз всех остальных. Мио начинает вспоминать свои прошлые жизни на других планетах, но за ней охотится организация «Охотники за записями», желающая управлять памятью душ. Вместе с другими носителями 999 душ она пытается раскрыть истинное происхождение и предназначение душ в космосе.