Прошло пять лет с событий первой части «Токийского небоскрёба». Начинается новая глава этой захватывающей истории. Проблемный подросток Рэйо Кандзаки, недавно переехавший в этот город, встречает загадочного юношу по имени Сэйран Мёти. Тот приглашает его в таинственный мир «Skyscraper». В то же время в том же городе начинает свой путь в «Skyscraper» и Син Тацуми, ставший учеником Сэйрана. Когда пути двух юношей пересекутся, история перейдёт в новое поколение.