Мир на грани разрушения. Из-за человеческих желаний открылся «Ящик», из которого хлынули чудовища бедствий — Пандоры. Люди создали магию на основе Пандор, воспитали магов и основали военные академии, чтобы противостоять угрозе. Юноша по имени Хаканами Харука, потерявший сестру из-за Пандоры, учится в одной из таких академий — «Кусанаги». Однажды, спустя год после поступления, в сумерках на руинах он встречает серебряную девушку — и с этого момента история начинает вращаться.