В престижной старшей школе одного провинциального города начинают ходить странные слухи. Говорят, существует «Теневой класс» — помещение, которого нет ни на одном плане здания. Те, кто случайно забредает туда, уже никогда не возвращаются к прежней жизни. Обычный старшеклассник Хиираги Хаято вскоре после поступления оказывается в центре череды загадочных событий. Исчезновения учеников, таинственные послания и предательство тех, кому он доверял, — всё это становится частью кошмара наяву. Вместе с друзьями Хаято решает докопаться до правды. Но чем глубже они погружаются в расследование, тем яснее понимают: за «Теневым классом» стоит заговор, который превосходит самые смелые ожидания.