Апрель 1945 года. В разгар битвы за Окинаву эскадра современных кораблей Морских сил самообороны Японии проваливается во времени и сталкивается с линкором «Ямато», идущим в свою последнюю атаку. Стремясь избежать изменения истории, моряки будущего всё же решают оказать ограниченную технологическую поддержку: электронная война и зенитные ракеты отбрасывают американскую авиацию, предотвращая гибель легендарного корабля. На борт «Ямато» тайно устанавливают обрывки грядущих технологий — радары управления огнём, цифровые системы наведения, гидролокаторы и мини-дроны. Линкор получает шанс выжить и вернуться домой, превратившись в «модернизированный Ямато». Однако США, узнав об аномалии, конфискуют корабль после войны. В то же время авианосец «Рональд Рейган», также застрявший в 1945 году, попадает в руки американцев в обстановке строжайшей секретности. Оба «пришельца из будущего» начинают тайно влиять на гонку вооружений и ядерную стратегию Холодной войны. Спустя 80 лет, в 2025 году, «тень Ямато» вновь всплывает на поверхность. Китай вторгается на Тайвань, Северная Корея атакует Юг, а в Токийском заливе происходит мегаземлетрясение. Среди ядерных взрывов и цунами «Ямато» становится последним бастионом надежды, ведя радиопередачи из руин. Его судьба переплетается с проектом «YAMATO» — международной экспедицией на Марс, где в антарктических подлёдных озёрах обнаруживают следы неизвестной инопланетной жизни. Корабль-призрак превращается в символ выживания человечества и его пути через войны, катастрофы и научные открытия.