Весенним днём старшеклассник-детектив Со Кудзаки оказывается втянут в загадочное исчезновение своего одноклассника. Единственная зацепка — странный клочок бумаги. Вместе с любознательной одноклассницей Саей Амано он обыскивает школьный двор, усыпанный лепестками сакуры, и пустынные коридоры ночной школы, собирая по крупицам улики. На их пути появляется хладнокровный взрослый детектив Хаято Кирисима. В психологической дуэли умов герои сталкиваются с тайнами, скрывающимися за простым на первый взгляд исчезновением. Внезапное возвращение пропавшего, исчезнувшие улики, подозрительные слухи и последний шифр — всё это сплетается в клубок загадок, охватывающих всю школу. Со распутывает одну тайну за другой, используя логику и наблюдательность, но за ними стоит тень того, кого никто не ожидал. Благодаря интуиции и решимости Саи, а также холодному анализу Кирисимы, правда выходит наружу. Финал раскрывает мотивы преступника и скрытую истину, но для героев это не конец, а лишь начало нового расследования. Под цветущей сакурой их дружба и детективный дух будут жить вечно.