应商人网络岩崎弥太郎的请求，来自丰后国的忍者后裔接受了委托。他们是自大友宗麟时代起就被派往欧洲学习技术与充当雇佣兵的忍者一族，如今在暗中协助坂本龙马，共同推动幕末的风云变幻。 与坂本龙马和冈田以藏并肩作战的，是使用蒸汽机关兵器、高速锁镰、转轮手枪、手里剑、西洋剑、加特林机枪，甚至能驱使火蚁与猴群的大友忍者！他们以镰刀双节棍为武器，迎战冲田总司、土方岁三等新选组高手，以及萨摩藩的人斩半次郎。 在历史的洪流中，西乡隆盛、桂小五郎、胜海舟等人也陷入挣扎。本该被处刑的冈田以藏，竟以影武者身份在忍者之里蜕变为大友忍者！借助蒸汽机关技术，他与龙马的威尔伍夫号并肩作战，展开日本首艘木制潜艇与蒸汽忍者飞行船的海战。近江屋事变中，龙马能否靠葡萄牙与荷兰的医术存活？以藏与土方岁三在五棱郭的宿命对决，最终将走向何方？