在世界的尽头，有一座六色之力与人类共存的神秘岛屿。白、黑、赤、青、黄、绿六种力量在岛上流转，其中最为强大的力量拥有自己的意志，被世人尊称为『顶点』。而人类的聚落也围绕着这些力量逐渐成形，各自发展出独特的文明与城市。 主人公克罗是一位居住在由白与青两位顶点共同治理的『彩虹方舟』上的青年，他身边有一位名为阿尔克的少女挚友。某天，阿尔克突然挥舞着黑色的力量，从彩虹方舟中夺路而逃。克罗拼命追赶，紧紧抓住她不放，却最终失去了意识。 当他醒来时，发现自己身处由赤与黄两位顶点所统治的城市『戈尔迪』，而这座陌生的城市正是故事真正的起点。围绕着纯真少女的秘密、黑之力量的真相，以及克罗与阿尔克之间不可割舍的羁绊，一场横跨整座岛屿的壮阔冒险，就此展开。