山贺一族的长老获得神谕，预言了‘柔竹巫女’与‘苍狼剑士’的诞生。山贺之女朱音饮下孟宗竹林砍伐后注满的‘光酒’，从而怀上身孕，诞下一名手执‘龙神翡翠’的女婴。女婴被命名为御玉，作为柔竹巫女抚养成人；同时，一名臂生青狼胎记的男婴降世，取名进次郎，被忍村培养为最强忍者。 随着岁月流逝，御玉出落得神采绝伦，进次郎亦锋芒毕露。某日，御玉受神谕启示，得知‘最后的审判’即将来临，她亲自锻造神剑‘空斩刺镜’交予进次郎。然而和平转瞬即逝，邪恶之源‘焰’率领大军来袭，目标直指圣柜、龙神翡翠以及柔竹巫女之血。山贺、伊贺、甲贺众忍者倾力迎战，生死之战就此展开。