距离人类终结之日，仅剩3082天。这是人工知性「伏羲」推演出的结果。 西元2118年，太阳系黄道面正下方，突然出现了一个超常的异形天体——特异形而上外现象体「乌西亚」。它直径4.1公里，延伸3.95光年，是一根扭曲至极的巨柱，完全偏离了此世物理法则。其轨道描绘出歪曲的巨大螺旋，异常精准地、明目张胆地指向了某一点。大约八年后，它将极其缓慢地与地球接合。 随着乌西亚的出现，世界各地开始出现各种无法解释的存在：被假定为监视人类的不可触碰飞行体群「观测者」；在地球圈各处被发现并隐藏的「非人类文明遗迹群」；在历史背后，以各自思想与意图守护世界秩序的七个「超常技巧传承组织」。而在这一切动向的背后，以各种姿态显现的神秘人物「荷尔达」。14岁的少女八首观知因父亲工作，搬到祖父居住的小豆岛。从在南极研究的父亲那里，她突然收到了一条神秘信息，指向一个极其古老的电子空间坐标。在那里，她和岛上结识的奇怪少年「理知」发现了一团异常的「模拟数据块」——那正是被视为都市传说、幻之扩展空间游戏「匿神回生」的原始数据。解放的数据开始逐渐侵蚀周围的扩展空间，并开始污染现实世界。