这是神明尚未成为神社供奉对象之前的故事。 你新年参拜的地方是哪里？你知道那座神社的神明擅长回应什么样的祈愿吗？考试、生意兴隆、姻缘、驱邪——神明也有各自擅长的领域。然而，为何这些愿望会被托付给某位神明，背后的缘由却鲜为人知。 神社除了正殿之外，有时还会在小祠堂里供奉其他神明。就像学校里并列的历代校长照片，虽然名字流传下来，但他们守护着什么、为何在那里，如今已成了谜团。以这些神明为题材的AI应用「女神占卜」在千岁的学校里流行起来，它能从十三柱女神中找出与你最相近或最相配的一位。开发者是千岁的父亲，但千岁却讨厌凡事都用逻辑下定论的AI·月读。 修学旅行时，千岁在参观三内丸山遗址时突然晕倒。与此同时，父亲的监控画面上出现了异常日志：位置仍是三内丸山，但时间却倒退了约五千年。醒来后的千岁，身处十三柱女神以肉身形态生活的绳文世界。 那里有为了使命献出身心却被夺走一切的女神，有二十年来只为守护同伴之地而坚持的女神，有抛弃故乡在赌上未来的土地上寻求信任的女神，也有即便被父母抛弃仍靠自己脚步前行的女神。而千岁自己，也变成了后世被评价为「丑陋」、未被选中的女神·石长姬。 千岁拥有能看到常人看不见的颜色、以及他人内心深处的力量。在现代，她害怕被当成「怪孩子」而一直对朋友和父亲隐瞒这种能力。但在绳文，这却被视为能读懂石头与印记、守护他人的才能。另一方面，留在现代的千岁父亲和月读一起，开始追踪那些即便删除也会重现的数据，以及无法用黑白判断的数值。他终于意识到，自己从未试图去看女儿所看见的世界。 在神明尚未变成神社供奉对象之前，在名字仅存而职责与故事被遗忘之前，一个关于「看见」那些明明存在、明明可见却未被注视之物的绳文调试推理剧，就此展开。