在备中国九名村，一个名叫阿璘的男孩出生于贫苦农家。他自幼展露罕见才华，五岁便拜入藩儒丸川松隐门下。然而十三四岁时父母相继离世，他不得不中断学业，作为一家之主继承菜籽油生意。 即便身处贫困，阿璘对知识的渴望从未熄灭。他借助藩的奖学金游学京都，被提拔为武士并改名为方谷。接触阳明学后，他受命重建备中松山藩的财政，面对超过十万两的负债，在大坂与债权人直接谈判，烧毁藩札，振兴铁与锹的产业，建立农兵制度，实施一系列大胆改革。被嘲讽为山出儒者的他，最终将藩的财力提升至二十万石级别。 获得藩主板仓胜静信任后，方谷历任参政，幕末时更作为政治顾问接近幕政中枢。在攘夷混乱、长州征讨、大政奉还的时代激流中，他始终徘徊于理想与现实之间。戊辰战争爆发，当松山藩被视为朝敌陷入危机时，方谷选择开城而非抵抗，围绕大逆无道四字赌上一切守护藩的荣誉。他寻找下落不明的胜静，甚至借助普鲁士商船长的力量救出主君，实现藩的复兴。晚年他坚辞中央政府屡次邀请，在长濑塾和小坂部塾倾注毕生精力教育年轻人，还致力于复兴濒临废校的闲谷学校，作为首任总理持续执教直至七十三岁离世。 故事以幼年所见九名村的油菜花景色为起点，这画面反复出现在烧毁藩札的火焰和临终床前的景象中，描绘了一个贫农之子实现治国平天下的完整循环。卷末三篇外传则展现了师父丸川松隐对方谷的注视，以及方谷命名的学舍迁乔。