深夜零点，雨见市会出现一座不存在于任何地图上的神社。据说只要参拜完毕，任何愿望都能实现——但那愿望，必将以祈求者最难以接受的形式成真。 接连发生的离奇死亡事件中，刑警神崎与民俗学研究者千鹤开始追查被称为「夜行神社」的异样存在。随着民俗禁忌逐渐浮出水面，两人意识到所有案件都指向同一个秘密。 深夜出现的，真的是神社吗？还是说，那是延续了数百年的「愿望」本身……