Мио живёт в бедной деревне и служит младшей сестрой в маленькой церкви. Но у неё есть воспоминания из прошлой жизни. В прошлом она была системным инженером-программистом в современной Японии. Однажды, прикоснувшись к старой каменной плите в церкви, её восприятие мира изменилось. Колодец, поля, подземное хранилище и барьер, защищающий деревню — всё, что другие видят как магию и благословение, Мио видит как «код», «логи», «узлы» и «права доступа». Используя прозрачную каменную плиту — анализатор-отладчик, Мио начинает чинить сломанные объекты в деревне. Починив колодец без воды, она случайно запускает пруд. Попытавшись оживить поле, получает небывалый урожай. А когда ищет место для хранения еды, открывает подземное хранилище больше самой деревни.