Война Святого Грааля — это состязание семи магов, каждый из которых призывает одного легендарного героя, чтобы сражаться за артефакт, способный исполнить любое желание. Четвёртая битва, отложенная трижды, наконец начинается в городе Фуюки. Среди участников есть человек, который всегда одинок и не видит смысла в своей борьбе. Его зовут Котоминэ Кирэй. Потерянный и не понимающий указаний судьбы, он задаётся вопросом, почему именно ему достались Три Заповеди. Случай сводит Кирэя с его заклятым врагом — Эмией Кирицугу, человеком более суровым и безжалостным, чем кто-либо. Эта история, лишь упоминавшаяся в Fate/Stay Night, раскрывает правду о событиях десятилетней давности, в которых переплелись судьбы отца Широ, отца Рин и юного Котоминэ.