Вскоре после войны в тридцати трёх точках вокруг Токио внезапно возникли иные пространства. Эти места, связанные с миром, где действуют совершенно иные законы, назвали «Непознаваемыми зонами», а позже стали именовать просто «Лабиринтами». Прошло более полувека. Теперь Лабиринты воспринимаются как источник редких материалов и давно вписались в пейзаж Токио. Те, кто отваживается исследовать их, — либо охотники за лёгкой наживой, либо люди с тёмным прошлым, выброшенные из общества. Нормальный человек редко сунется в Лабиринт. Гундзи Хаякава, потерявший дом из-за Великого восточно-японского землетрясения, переезжает с внучкой Сидзуно в Нарасино к сыну. Сын Сэйя предлагает ему: «Раз уж тебе всё равно нечем заняться, стань исследователем». Так начинается жизнь старика в Лабиринте, где прошлое и настоящее переплетаются, а тревожиться ему осталось только о семье.