Мир изменился. 2025 год. В Японии, где информация стала главным оружием, остро встала необходимость в разведке и контрразведке. Под давлением общественности и в ответ на новые вызовы времени была создана секретная организация — Японское информационное агентство, более известное как NINJA. Для воспитания юных талантов при агентстве открыли университет и старшую школу. Днём и ночью ученики грызут гранит науки, чтобы стать первоклассными оперативниками. Здесь учат не только шпионажу, но и искусству выживания в мире, где правда — лишь пешка в большой игре. Весной в эту школу поступает парень, давший себе клятву: стать величайшим ниндзя в мире. Его имя ещё никто не знает, но именно с него начнётся рождение легенды. Спецотряд особого назначения начинает свою работу!