2056 год. Человечеством управляет искусственный интеллект, а виртуальный мир создан гениальным учёным. Шестиклассник Масая живёт в этой иллюзии, пока одноклассница-физик Рэй не огорошивает его: «Остальные ученики — не настоящие». Вместе они начинают сомневаться в смысле существования пустых голограмм, смешанных с реальными людьми. Встретив в реальном мире доктора и его внучку Манами, ребята узнают страшную тайну: из-за дефекта системы человечество на грани вымирания. Объединившись с другими одарёнными подростками — Касуми, Рёсукэ и Судзунэ, — они берутся за разработку машины времени. Но в ходе эксперимента происходит загадочный взрыв, и доктор бесследно исчезает. Пока герои пытаются распутать клубок тайн, выясняется, что их собственные личности были скопированы для создания голограмм, а секретный «План замены человечества» уже запущен. До гибели цивилизации остаётся два года. Судзунэ начинает отчаянный проект «Вычисления, связующие время», а Масая осознаёт: доктор — это посланник из будущего, а реальность постоянно «исправляется» другими пришельцами. Смогут ли шестеро друзей разорвать порочный круг и спасти мир?