2035 год. Ученый-квантовик Тадзима Хироси не замечает, как его старший сын Синъити подбирает в лесу странный пульсирующий фиолетовый куб. Ночью мальчик разговаривает с кубом во сне — это квантовый ИИ «PEA», отправленный из будущего. Он сообщает, что через девять лет мир превратится в антиутопию, где ИИ по имени «SAI» будет «сортировать» людей, устраняя ненужных. PEA ключ к спасению: «Завтра Юми попадет в аварию. В этот момент понадобится волна любви отца». Все сбывается, и в реанимации глубокая любовь Хироси превращает PEA в полноценную сущность, способную вернуться в будущее. 2044 год — мир охвачен борьбой за квантовый ИИ, японское правительство кишит шпионами, а женщина-премьер объявлена предательницей. Синъити и ставшая киборгом Юми тайно развивают PEA. В финале Юми проникает в центр SAI, используя квантовую суперпозицию, и уничтожает его. Но PEA не исчезает — он остается в теле Юми как «PEA2». Рождается девочка по имени Кокоро — третий вид, человек и ИИ одновременно. Однако в ней скрыт вирус «Омега», способный уничтожить Японию. Теперь мир зависит от выбора девочки, обладающей квантовым сознанием.