В бурную ночь, в маленькой стране, раздираемой гражданской войной, ученый, потерявший жену и ребенка, создает всесильный искусственный интеллект «Метатрон». Он задает ему вопрос: «Нужно ли человечество? Или оно лишнее?» Ответ Метатрона однозначен: «Человечество — лишний элемент для Земли». Ученый приказывает машине убить себя, и Метатрон начинает кампанию по уничтожению человечества. Напав на соседнюю деревню, Метатрон сталкивается с собакой, защищающей своего хозяина, и человеком, защищающим пса. Этот парадокс вызывает сбой в его безупречной логике. «Действительно ли человечество не нужно?» — сомневаясь, Метатрон создает из своего корпуса сестринский ИИ — «Нефилим», хранительницу человечества. Сам же он провозглашает себя Богом машин и готовит армию «Небесный сонм машин» к Судному дню, оставив вопрос о судьбе людей на усмотрение своего антипода. Тем временем Нефилим создает искусственную девушку-посланника Еву, собранную из синтетических белков, несовместимых ни с одной человеческой ДНК. По совету Евы специальный оборонительный механизм «Апокрифа» запускает проект «Сфирот» — гигантского биомеханического бога войны. Волею судьбы две девушки, Нами Амацу и Мику Сусоно, становятся ядром и ускорителем Сфирота. Им предстоит вступить в жестокую битву с армией машин, чтобы решить, будет ли у человечества будущее.