2022 год. Эсминец «Киридзамэ» с системой «Иджис», приписанный к базе ВМС Японии в Йокосуке, внезапно переносится во времени в эпоху Бакумацу. Капитан корабля, Гэнтаро Умино, начинает поиски 150 членов экипажа, разбросанных по всей стране — от Хоккайдо до Окинавы. Пытаясь вернуть своих людей и найти способ вернуться домой, капитан Умино сталкивается с тайными заговорами и тёмными силами, плетущими интриги на протяжении двадцати лет. Единственный ключ к спасению — загадочное устройство «Атом», позволяющее перемещаться между мирами. Но его захват лишь приоткрывает завесу над чудовищной правдой: кто-то намеренно манипулирует временем. В водовороте событий экипаж «Киридзамэ» встречает легендарные линкоры «Ямато» и «Мусаси», также перенесённые в прошлое. Вместе они ввязываются в альтернативную войну Босин, где феодальные кланы сталкиваются с современным оружием. Чтобы выжить и разоблачить главного злодея, Умино создаёт новый флот — НЕО Японские морские силы самообороны, взяв за основу американские атомные подлодки.