2300 год, Нео-Токио. Япония, доведённая до предела эффективностью и политикой избегания проблем, должна исчезнуть через 92 дня. Неудачливый писатель и помощник премьер-министра Моно Катару вместе с холодным главой правительства Яри Наосу втягиваются в сверхсекретный план «Re-JAPAN». Это беспрецедентный проект возрождения нации: отправить в прошлое исторических гениев, усиленных технологиями будущего, чтобы отладить исходный код истории. Принц Сётоку, насаждающий «гармонию» с улыбкой тоталитариста; Усивака, сеющий смерть с гравитационным управлением; Химико — социофобная кибер-жрица; Мурасаки, описывающая всё сущее и разъедающая реальность. Но каждое исправление превращает Японию в новый кошмар: культовое государство или общество всеобщих критиков. Когда на пути встаёт «системный администратор», отвергающий само изменение истории, Катару, сжимая в руках каплю чёрных чернил, начинает бунт против истины мироздания.