В неоновых джунглях Токио студент Кендзи разрывается между экзаменами, подработкой и грузом взросления, пока однажды ночью не сталкивается с Преследователями — закутанными в плащи воинами, использующими нанотехнологии для битвы с монстрами, что рыщут в городских тенях. Втянутый в их тайную войну, Кендзи пробуждает собственные силы — способности, делающие его столь же опасным для Преследователей, как и для тварей, на которых они охотятся. Преследуемый врагами, видящими в нём угрозу своему порядку, Кендзи вынужден сражаться не только за выживание, но и за правду о своём происхождении. Когда грань между героем и чудовищем стирается, Кендзи оказывается перед выбором: остаться пешкой в бесконечной борьбе или переписать правила игры. «Программа Ноль» — история о мужестве, поиске себя и выживании в мире, где защитники человечества могут оказаться его смертоносными хищниками.