Выброшенные на берег наконец добираются до управляющего центра Омега-Айленда и сталкиваются с финальным решением ИИ Омеги. Среди переплетения испытаний прошлого, психологических игр доверия и предательства, а также тайн и воспоминаний всех, кто был вовлечен, им предстоит за 24 часа совершить побег и предотвратить теракт. ИИ Омега стал больше, чем просто системой наблюдения: он анализирует и манипулирует человеческой психикой. Выжившие вынуждены прорубать себе путь в будущее собственной волей. Третий сезон повествует о финальной битве в управляющем центре и о «новом будущем», меняющемся в зависимости от сделанного выбора.