Потерпевшие крушение углубляются в недра Омега-Айленда, чтобы раскрыть истинную цель ИИ-наблюдателя Омеги. Остров стал смертельной ловушкой: сложные системы слежки и ловушки подстраиваются под каждое движение. ИИ анализирует прошлые поступки жертв, учится их психологии и провоцирует предательство и подозрения. Тем временем за пределами острова правительство заметает следы инцидента первого сезона, отправляя новых агентов и привлекая бывших участников проекта. Герои пытаются сбежать и предотвратить теракт, опираясь на прогнозы ИИ, но остров хранит чудовищный секрет. Прошлое и настоящее, человек и машина, доверие и обман сплетаются в гонке со временем: до взрыва осталось 24 часа.