Сато Сёко, известная как магическая девочка Мадзикал Шугар, на самом деле лишь реплика, подражающая оригиналу. Из-за вышедшего из-под контроля эксперимента она перестала стареть в четырнадцать лет и теперь, в возрасте двадцати одного года, влачит дни, находясь на содержании Управления по делам магических девочек. Однажды ей поступает приказ «ликвидировать» бродячих магических девочек. Ликвидировать — значит убивать. Взяв в напарники бывшего монстра, Сёко становится Мадзикал Итер — магической девочкой, которая убивает магических девочек, чтобы защитить их. За всем этим стоят тёмные замыслы начальника управления, девушки, так и не ставшие магическими девочками, сбежавшая мать и загадочная магическая девочка по имени «Мадзикал Шугар». Когда тайна, окружающая Сёко, раскроется, «она» пробудится.