Фея Рафаэль из другого мира похищает «Шкатулку со стигматами» из храма и снимает печать в Японии. Спустя несколько лет в стране начинают происходить необъяснимые события и несчастные случаи. Это знаменует рождение «Детей стигматов» благодаря силе шкатулки. Фея Фэйри, пришедшая вслед за Рафаэль, решает остаться в этом мире и сражаться с ней, стремящейся к хаосу. В центре сюжета — противостояние группы MIDNIGHT под руководством Фэйри, желающей мира и сосуществования с людьми, и группы DOWN во главе с Рафаэль, ищущей порядок через хаос. Четверо старшеклассников из кинокружка внезапно пробуждают способности и оказываются втянуты в эту войну.