Годы тайной деятельности привели к возвышению организации, опутавшей своими щупальцами целые регионы. Пять лидеров манипулировали, лгали, разрушали и созидали, стремясь к одной невероятной цели — обуздать силу Эволюции. Когда часы пробили, тайны Первоисточника вырвались на свободу, и за считанные дни цивилизация превратилась в руины. Три года спустя после Бури Первоисточника Эш и его выжившие покемоны пожертвовали собой в последней битве с Кондуитом — центром Бури. Умирая, Эш прошёл сквозь Завесу и встретил Создателя, который отправил его назад, чтобы изменить прошлое. Теперь, очнувшись на Серебряной горе, он обнаруживает, что сохранил взрослое тело, но его покемоны деградировали до Чармандера, Фроки и Пичу. Вернувшись на десять лет в прошлое, Эш и его команда должны распутать многолетний заговор, охватывающий все регионы. Имея лишь минимум информации и собственную смекалку, герой обязан выстоять и победить, чтобы спасти мир от неминуемой гибели.