Десять лет назад в токийском районе Сибуя внезапно произошла сверхъестественная катастрофа под названием «Гниющий Бог». Она унесла жизни 43 630 000 человек, и лишь один человек числится пропавшим без вести. Природа этого бедствия остаётся необъяснимой, а его последствия — непредсказуемыми. Для борьбы с угрозой была создана «Организация по противодействию Гниющим Богам», известная как JCI, которая занимается эвакуацией, обороной, исследованиями и ликвидацией последствий. Главный герой, Цуйкана Кэйса, успешно сдаёт вступительные экзамены в JCI. Втянутый в череду опасных событий, он всё ближе подбирается к истине: почему появился Гниющий Бог? Что он такое? И знает ли об этом только сам Бог?