Близкое будущее Земли. Человечество создало технологию «Полного погружения в систему ДНК-линка» (Crosslink), позволяющую оцифровывать ДНК других существ и использовать их способности. Но однажды эта технология выходит из-под контроля. Сознание испытателей оказывается заперто в виртуальном пространстве, а мир превращается в ад, населённый людьми-монстрами (Helix). Правительство вводит карантин и формирует организацию сопротивления «Сигма Протокол». Её член, Синдзи Камия, верящий в справедливость и стремящийся спасать людей, постепенно узнаёт правду, скрытую за Crosslink, и цену эволюции человечества.