Внезапное появление чудовищ, названных Грейм-Лейк-1, перевернуло мир. В ответ на угрозу родился новый вид людей — Нексус, обладающие особыми способностями. Юноши и девушки, наделенные даром от рождения, собираются на гигантском водном плавучем острове — Новом Токио. Здесь, в специальном учреждении Валис, они проходят изнурительные тренировки, чтобы ежедневно уничтожать монстров. Мирай Асибуна, живший в санатории Киото, однажды оказывается втянут в этот водоворот событий. Загадочная женщина по имени Наоко Рюдзё, назвавшаяся тактическим командиром Валиса, приводит его в Новый Токио и устраивает в академию города. Ничего не знающий и никем не являющийся Мирай знакомится с другими Нексусами своего возраста. В общении с ними он начинает понимать, ради чего стоит сражаться и в чем истинный смысл битвы.