Мир состоит из «исходного кода». Парень по имени Асагири Рё, способный видеть его чертежи, тайно живёт как «отладчик», исправляя баги реальности. Однажды ночью после исправления ошибки перед ним появляется прекрасная девушка с серебряными глазами — Цукисиро Рин. «Я консоль управления. Начинаю ваше наблюдение», — заявляет она. Посланная организацией «Хронос», она — бесчувственный исполнитель. Но в процессе странной совместной жизни и ежедневного исправления багов в её механической системе накапливается «ошибка» под названием эмоции. Рё узнаёт правду о потерянных воспоминаниях — исчезнувшей за шумом «сестре» и о том, что было отнято в обмен на исправление мира. Это история о мужчине-отладчике, бросающем вызов несправедливости мира, и девушке-машине, предавшей своего господина и выбравшей «напарника». Повесть о бунте и узах.