В недалёком будущем изобрели сканер, считывающий трёхмерную структуру объектов вплоть до атомов. Одна корпорация запустила проект по сбору цифровых копий людей. Главный герой, Кайто Китамура, клюнул на щедрое вознаграждение и согласился стать подопытным. Едва он забрался в сканер, как провалился в сон. Очнулся же в совершенно незнакомом мире. Перед ним стояла андроид в платье горничной по прозвищу П-тян. Она огорошила парня правдой: он — не оригинал, а копия, созданная 3D-принтером на основе данных двухсотлетней давности. Теперь Кайто, П-тян и кошкодевочка-волшебница Миру идут в Литл-Токио, чтобы узнать, кто и зачем воскресил их, попутно сражаясь с армией захватчиков.