Вскоре после войны в тридцати трёх местах вокруг Токио внезапно возникли иные пространства. Эти места, ведущие в зоны с совершенно иными законами, назвали Непознаваемыми территориями, а позже их стали называть Лабиринтами. Прошло более полувека, и теперь Лабиринты воспринимаются как места добычи редких материалов, полностью вписавшись в пейзаж Токио. Исследователи, бросающие вызов Лабиринтам, делятся на тех, кто жаждет лёгких денег, и тех, у кого есть причины быть изгоями общества. Кандзи Кадоваки, проживший восемнадцать лет в другом мире как герой и вернувшийся назад, сейчас работает начинающим исследователем с невероятными способностями. Однажды ему поступает заказ от государственной корпорации, и вместе с Эльфдой он отправляется в Лабиринт Инба-Нума.