Восемь лет прошло с момента внезапного появления по всему миру масштабного бедствия под названием «Чёрный купол». Из него рождается «фактор Нектар», вызывающий «Чёрную гниль» — болезнь, поражающую человеческое тело. Люди, столкнувшиеся с монстрами «Пепел», угрожающими существованию человечества, возводят стены, отгораживающие внешний мир от Купола. Однажды в одном из японских городов сбегает особь Пепла. Семнадцатилетний юноша Фудзики Эн, чудом выживший после столкновения с Чёрным куполом, вместе со своим другом детства Мёдо Акирой и его сводной сестрой Эми оказываются втянутыми в водоворот событий. Их отношения начинают давать трещину, и они бросаются в битву — всё ради того, чтобы защитить друг друга.