Перед завершением строительства космического лифта Академии «Эндимион» главные герои Камидзё Тома и Индекс встречают бездарную девушку по имени Ариса. Маги охотятся за Арисой и атакуют Академию. Женщина-лидер по имени Шаттоаура возглавляет отряд Академии для отражения атаки. Камидзё и Индекс узнают от Стила, что Ариса — ключ к назревающей войне между магией и наукой. Когда наука и магия пересекаются, история начинается на сцене «Эндимиона»!