Прошло десять лет с тех пор, как Япония ушла под воду. Численность японцев сократилась до полутора миллионов человек, и их теперь называют вымирающим видом. Главный герой, Сюдзи Хатохара, один из этих полутора миллионов. Он был обычным таксистом, но его выдающиеся навыки вождения привлекли внимание отряда специального воздушного боя под названием «Небесная пыль». Этот отряд расследует обстоятельства затопления Японии, подозревая, что оно было не природным, а рукотворным. Согласившись вступить в ряды «Небесной пыли», Сюдзи начинает свой путь в небе, чтобы раскрыть правду о катастрофе.