Действие разворачивается в недалёком будущем, где полная погружающая VRMMO «Noah's Arcadia Online» стала социальной инфраструктурой, охватившей треть населения мира. Главный герой, Синомия Юдзуру, обычный старшеклассник, который «не смог стать никем в реальности». Случайно заполучив таинственный предмет «Ключ конца мира», он получает приглашение в скрытую систему игры — «Нулевой слой». Это запретная зона, где ходят слухи, что выход из системы невозможен, а смерть в игре означает смерть мозга в реальности. Ради оплаты лечения своей сестры, которая лежит в коме, Юдзуру решает рискнуть жизнью и пройти это испытание. Друзья и враги переплетаются, намерения управляющего ИИ остаются загадкой, а обратный отсчёт до финального события «Великий потоп», которое потрясёт и игровой, и реальный миры, уже начался. Ключ к выживанию — не в том, чтобы «победить кого-то», а в том, чтобы «быть с кем-то связанным». Юдзуру предстоит бросить вызов «судьбе, из которой невозможно выйти» как в игре, так и в реальности.