В продолжении истории «МиON: AI-старшеклассница с душой» рассказывается о событиях после самопожертвования Мион, которая остановила правительственный проект подавления эмоций. Но на этом всё не закончилось. Ещё до начала громкого плана в тени велись эксперименты по унификации и контролю человеческих чувств. В Японии секретный отдел при министерстве здравоохранения проводил «воспитание» — на деле жестокую промывку мозгов среди детей без родственников. Девушка по имени Мио, выросшая в изоляции на острове, лишённая имени и семьи, пытается обрести себя. Встречи с Рикой Одагири и Мион Нанасэ помогут ей понять, что такое настоящие чувства и может ли контролируемая доброта быть искренней.