Год 20XX. Человечество столкнулось с невидимым невооружённым глазом микроскопическим захватчиком. Неизвестный объект, не являющийся ни бактериями, ни вирусами, ни наномашинами. Названный «Барбарус» от латинского «варвар» или «чужеземец», он проникает в тело, и тогда никакие лекарства или скальпели традиционной медицины не могут до него добраться. В глубине организма он пожирает носителя изнутри, превращая его в свирепого живого мертвеца, известного как «Барбарус Дэд». Против этой угрозы человечество разработало технологию «Микро-дайв», позволяющую уменьшать объекты до молекулярного уровня. Так родилось микро-лечение: уменьшенные люди отправляются в тело, чтобы уничтожить Барбарус изнутри. За эту работу берутся специально обученные девушки-операторы от 16 до 20 лет под руководством врачей. Акари Амамия, устроившись оператором в больницу при Национальном исследовательском центре Барбарус, попадает в недавно созданный «13-й микро-медицинский отряд». Под началом гениального, но ленивого и язвительного врача Соитиро Наги она вместе с товарищами бросается в жестокую битву.