В футуристическом городе Мардок юная проститутка Руна Баллот живёт под опекой известного игрока Шелла Септинуса. Однажды ночью Шелл бросает её и пытается убить в результате взрыва. Руну спасает доктор Истер, превращая её в киборга. Искусственный интеллект в виде мыши сопровождает её, помогая адаптироваться к новой жизни. Руна учится использовать передовые технологии, встроенные в её тело, чтобы защититься от попыток Шелла убить её и помешать дать показания против него.