Амаги Рито — обычный старшеклассник. Он слаб в математике и английском, но невероятно понимает суть вещей. Во время экскурсии в научную лабораторию он попадает в аварию с неизвестным энергетическим устройством и переносится в мир, где существует магия. В этом мире магия — не чудо, а наука. Магические молекулы, гены магии, реакции волшебства: люди изучают её как точную дисциплину. Рито замечает, что теория магии завершена, но не хватает объяснений. Он начинает заполнять пробелы, и учёные удивляются его пониманию. Но за этими исследованиями скрывается тайна: кто создал магию? Почему люди владеют ей? Что скрывают те, кто завершил магическую науку? Рито своей логикой переворачивает представления о магии, доказывая: магия — это наука, и поэтому она может развиваться дальше.